Struktur Organisasi DPU-PR yang ditetapkan sejak tanggal 3 Januari 2017 terdiri dari Sekretariat dan 6 (enam) bidang yaitu :

1. Bidang Sumber daya Air,
2. Bidang Bina Marga,
3. Bidang Cipta Karya,
4. Bidang Penataan Ruang, dan
5. Bidang Bina Program.

bagan organisasi  DPU-PR adalah sebagai berikut :