Struktur Organisasi DPU-PR yang ditetapkan sejak tanggal 25 April 2022 terdiri atas :
- Kepala Dinas;
- Sekretariat;
- Bidang Sumber Daya Air;
- Bidang Bina Marga;
- Bidang Bangunan Gedung;
- Bidang Penataan Ruang;
- Bidang Bina Jasa Konstruksi;
- UPTD; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.
bagan organisasi DPU-PR adalah sebagai berikut :